Otofaji analiz yöntemleri ve uygulama aşamaları (Autophagy analysis techniques and applications)

Hücresel anlamda stres, hücrelerin işleyişini etkilemekte, doğal dengelerini bozmakta ve hatta ölümlerine neden olabilmektedir. Hücre düzeyinde maruz kalınan stres, doku ve organların işlevlerini aksatmalarına neden olabilmekte ve organizma genelinde kendisini hastalık olarak göstermektedir. Stres iç ve dış faktörlere bağlı olarak gelişebilir. Kronik hastalıkların metabolizma üzerinde etkileri, hormonal değişiklikler, biyokimyasal değişiklikler ya da uzun süreli enflamasyon iç faktörlere bağlı stresin nedenleri arasındadır. Besin, büyüme faktörü ya da oksijen eksikliği (iskemi), toksik maddeler, bazı ilaç ve kimyasallara maruz kalma, ultraviyole ışınları, radyasyon gibi ışımalar hücresel strese yol açabilen dış faktörler olarak sayılabilir. Ayrıca bazı kalıtsal hastalıklar (örneğin, kistik fibroz, alfa1-antitiripsin eksikliği vb) ya da kalıtsal komponenti olan hastalıklar (örneğin, Alzheimer ya da Parkinson hastalığı), hücre içinde ve dışında toksik etkiler gösteren anormal proteinlerin birikimine neden olarak hücresel strese yol açabilirler. Stresin nedenine göre farklı hücresel yolakların aktive olabilmesine karşın, yukarıda bahsedilenler dahil pek çok stres faktörüne karşı hücrelerin verdiği en temel iki yanıt otofaji ve stresin dozuna göre programlı hücre ölümüdür. Otofajik hücre ölümüne stres dışında, doku ve organ gelişimi sırasında da rastlamak mümkündür. Klasik olarak hücre ölümü apoptoz (programlı) ve nekroz (programsız) olarak iki sınıfa ayrılmıştı. Fakat son yıllarda yapılan çalışmalar, apoptoz dışı programlı hücre ölüm yolakları da bulunduğunu ortaya çıkarmıştır. Hatta “programlı nekroz” adı verilen hücre ölüm tiplerinin de bulunduğu önerilmiştir. Çoğunlukla bir stres yanıtı ve hayatta kalma mekanizması olarak işleyen otofajinin bile, özellikle apoptozun mümkün olmadığı durumlarda “otofajik hücre ölümü” adı verilen bir programlı hücre ölüm mekanizmasına dönüştüğü gözlenmiştir (Gozuacik D, 2007, Öz-Arslan D, 2011). Bu makalede otofajik hücre ölümü analiz yöntemleri tartışılacaktır.